Hlavním účelem užívání biologické čistírny odpadních vod BČOV Pardubice je společné čištění komunálních odpadních vod z města Pardubice, čištění průmyslových odpadních vod z areálu Semtin Zone a zpracování a likvidace odpadních produktů.
BČOV Pardubice má z hlediska čistírenských procesů tři hlavní technologické celky:
- Městské odpadní vody přitékající z pardubické aglomerace prochází nejprve technologickým celkem mechanického předčištění. Během tohoto kroku je odpadní voda zbavena hrubých plovoucích nečistot a suspendovaných látek anorganické i organické povahy. Po tomto předčištění, které je především fyzikální povahy, již městské odpadní vody natékají na biologickou linku.
- Průmyslové odpadní vody (zejména z chemického průmyslu) z areálu Synthezia Zone přitékají na čistírnu přes retenční nádrž Lhotka a před biologickým čištěním je třeba je upravit na technologickém celku neutralizace. Tato chemicko-fyzikální předúprava zahrnuje zejména vlastní neutralizaci průmyslových vod a následnou sedimentaci nerozpuštěných látek, které jsou v nádržích při biologickém čištění nežádoucí.
- Technologický stupeň biologického čištění je z pohledu celého čištění ten nejzajímavější. Přitéká na něj směs předčištěných průmyslových a městských odpadních vod. Během tohoto procesu je znečištění z odpadní vody odstraňováno pomocí nepřeberného množství mikroorganismů, které tvoří se suspendovanými organickými i anorganickými látkami aktivační kal. Jeho zásadní vlastností je schopnost sedimentovat. Tato vlastnost umožňuje, aby byl od vyčištěné odpadní vody oddělen a vrácen zpět do procesu čištění. Tím je zajištěno, že množství mikroorganismů může být v nádržích na čistírně – tzv. aktivačních nádržích – řízeně udržováno na vysokých koncentracích. Biologický proces odstraňující znečištění tak probíhá významně intenzivněji, než by probíhal v přirozených přírodních podmínkách.